成立宗旨
在大學部方面，提供本校醫學系、牙醫學系、藥學系及其他相關科系學生微生物及免疫學教學課程。在研究所方面，提供醫學科學研究所微生物及免疫學及其他相關科系研究生的研究指導，培養獨立思考的專業人才。
學科簡介
微生物及免疫學之教學工作 早在創校時期即已開始，但並未成立編制上之學科，只是延用其他大學之細菌學科代表一個教學課程，直到1974年才成立早之醫學系微生物學科，直至1985年。同年，醫學系成立免疫學科成立，成為微生物、免疫兩學科並行。1988年微生物及免疫學科合併成為微生物免疫學科，也就是目前學科之名稱，負責醫學系及全校包括牙醫學系、藥學系、醫事技術學系、保健及營養學系、護理學系以及往後成立之公衛學系等全校之微生物免疫學及實驗課程。目前學科正式編制8位專任教師與2位技術人員。
未來展望
面對生物科技不斷創新與突破，以及人類面臨許多新興疾病之挑戰，微生物與免疫學知識的傳播與研究更顯重要。微生物的特性、新型疫苗的開發、益生菌在疾病之預防及治療之應用將會是學科的研究重點，希望對全民健康的保障，有所貢獻及發揮。